În 1919, când noua universitate românească din Cluj își construia instituțiile și își căuta profesorii, Emil Racoviță a primit invitația de a veni în Transilvania. Nu era un cercetător aflat la început de drum, ci un biolog și explorator cu reputație internațională. Acceptarea invitației a venit însă cu o condiție care avea să schimbe profilul științific al orașului: înființarea unui institut dedicat cercetării lumii subterane.

Racoviță aducea cu el o experiență acumulată în ani de explorare și cercetare. În 1907 publicase lucrarea Essai sur les problèmes biospéologiques, considerată un text fondator pentru studiul sistematic al vieții din peșteri. Tot în jurul programului Biospeologica se formase o rețea de cercetare care aduna observații, specimene și rezultate din numeroase peșteri europene.

La 26 aprilie 1920, printr-o lege promulgată de regele Ferdinand I, era consfințită crearea Institutului de Speologie la Universitatea din Cluj. Sursele instituționale îl prezintă drept primul institut de acest fel din lume. Emil Racoviță a devenit director, iar alături de el a venit entomologul francez René Jeannel, în calitate de subdirector. În 1922 li s-a alăturat zoologul elvețian Pierre-Alfred Chappuis.

Pentru Cluj, miza era mai mare decât apariția unei noi catedre universitare. Orașul devenea centrul unei discipline științifice aflate în plină construcție. Cercetările s-au extins în Munții Apuseni și în alte regiuni carstice din România și Europa, iar colecțiile și publicațiile institutului au legat Clujul de o comunitate internațională de cercetători.

Universitatea Babeș-Bolyai notează că, în întreaga sa activitate, Racoviță a vizitat peste o mie de peșteri și a adunat aproximativ 150.000 de specimene. Cifrele spun ceva despre amploarea muncii, dar povestea importantă pentru Cluj este una instituțională: un cercetător cu experiență a ales să-și lege o etapă decisivă a carierei de construirea unei structuri care putea continua cercetarea dincolo de numele fondatorului.

Racoviță nu a rămas izolat în laborator. A fost rector al Universității din Cluj în anul universitar 1929–1930 și a condus Academia Română între 1926 și 1929. Prezența sa leagă astfel istoria științei de istoria universității și de dezvoltarea culturală a Clujului interbelic.

Institutul a trecut ulterior prin reorganizări și perioade dificile. Din 1956, structura a fost reorganizată la București, însă la Cluj a continuat să funcționeze un colectiv de cercetare. Sediul de pe strada Clinicilor nr. 5 păstrează până astăzi legătura fizică cu institutul instalat aici de Racoviță în 1920.

Povestea lui Emil Racoviță la Cluj este, în fond, despre ce se întâmplă atunci când un oraș reușește să transforme prestigiul unui om într-o instituție. O idee științifică a primit aici un sediu, o echipă, o arhivă și continuitate. Iar acesta este unul dintre modurile în care Clujul a ajuns să conteze pe harta cercetării europene.